Die Paul Wolfgang Merkel'sche Familienstiftung verfügt über eine große Zahl historisch wertvoller Besitztümer (Bilder, Plastik, Kunsthandwerk, wissenschaftliche Instrumente, Waffen, Bücher, Münzen und Medaillen, Möbel, Handschriften, Autographen, Briefwechsel u.v.a.m.), die heute in geschlossenen Sammlungen als Dauerleihgaben im Germanischen Nationalmuseum Nürnberg und im Familienarchiv Merkel im Stadtarchiv Nürnberg sorgsam aufbewahrt und gepflegt werden.
Darunter befinden sich u.a. Werke von Wenzel Jamnitzer, Albrecht Dürer und der Werkstatt Lucas Cranach d. Ä.. Herausragend sind u.a. auch die Bestände der Merkel’schen Bibliothek mit den Welser’schen Handschriften und die große Panzer’sche Porträtsammlung.
Die Sammlungen stehen der Wissenschaft wie Öffentlichkeit dauerhaft zur Verfügung. Die Objekte wurden von den Vorfahren Paul Wolfgang Merkels und seiner Frau Margarete Elisabeth geerbt, von Paul Wolfgang Merkel gesammelt oder erworben, bzw. von nachfolgenden Generationen erweitert.
Umfangreiche Archivalien über die Familie und einzelne Familienmitglieder befinden sich neben den genannten Institutionen zudem in Einzelarchiven (z.B. im Archiv der Werner-Zeller-Stiftung Leonberg wie u.a. auch in verschiedenen Kirchenarchiven).
Der bedeutende „Merkelsche Tafelaufsatz“ von Wenzel Jamnitzer, der mehr als 7 Jahrzehnte im Besitz der Merkel-Familie war, befindet sich heute im Rijksmuseum in Amsterdam. Eine Ende des 19. Jahrhunderts angefertigte Tafelaufsatz-Kopie (eine Leihgabe der Stadt Nürnberg) ist heute in der Nürnberger Kaiserburg zu sehen.
Eine Anzahl Objekte über die Familiengeschichte, wie Dokumente, Korrespondenzen, Erinnerungsstücke, Bilder und mehr - befinden sich heute noch in Familien der Nachkommen von Paul Wolfgang Merkel.
Die einzelnen Sammlungsorte werden beschrieben und einige bemerkenswerte Objekte in Bildern dargestellt.